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aCygwinを使っている時、「$'\r': command not found」というエラーメッセージが表示されることがあります。これは単純に解釈すると、「\rというコマンドはありません」という意味。

原因の多くは、Cygwinの改行コードとして「LF(Line Feed。「\r」と同じ。)」を設定しているのに、実行しているシェルスクリプトの改行コードは「CR＋LF」としているから。解決方法として一番単純なのは、シェルスクリプトの改行コードを「LF」に変換することです。
（Cygwinの改行コードを変換したい場合は、Cygwinのインストールで用いたsetup.exeを使うのかな？）

改行コードを変換するにはいくつかの方法があります。
１．複数の改行コードに対応したテキストエディタで改行コードを変換して保存する。
２．nkfコマンドで変換する。

１は簡単にできるのでお勧めです。
２は、もしcygwinにnkfコマンドが入っていればという前提で「nkf -Lu ファイル名」とすればいいでしょう。